İstanbul’un tarihi zenginlikleri yer üstü ile sınırlı değildir; sualtında da birçok kültürel mirasa sahiptir. Tarihsel süreç içerisinde meydana gelen depremler, fırtınalar, deniz seviyesinin zamanla yükselmesi ya da kullanılmadığı için batırılan gemiler, İstanbul’un sualtı kültürel mirasını zenginleştirmiştir.

2004-2013 yılları arasında İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü tarafından Yenikapı – Marmaray ve Metro Projeleri inşaat alanında gerçekleştirilen kurtarma kazılarında, Bizans Dönemi’nde Konstantinopolis’in en büyük limanlarından biri olan Theodosius Limanı (Portus Theodosiacus) açığa çıkarılmıştır. IX. yy.dan sonra  Lykos yani Bayrampaşa Deresi’nin taşıdığı alüvyonlar zamanla Teodosius Limanı’nı doldurmuştur. Limanı kaplayan bu alüvyon dolgu sayesinde Bizans Dönemi’ne ait 37 adet batık ve sayısız küçük buluntu, mükemmel bir şekilde korunmuştur. Kazılar sonucu gün yüzüne çıkarılan batıklar, tek bir arkeolojik kazı alanında bulunan en fazla sayıdaki erken Ortaçağa ait deniz aracı topluluğu olarak da önem taşımaktadır.

Tarihi kaynaklarda rastlanılan fakat yakın bir geçmişe kadar keşfedilmemiş, İstanbul’un önemli su altı dalış alanlarından biri olan Vordonisi Adası, doğal bir afet sonucu Marmara Denizi altında kalmıştır. Adanın 1100’lü yıllarda meydana gelen büyük bir depremle suyun altında kalmış olabileceği düşünülmektedir. Dragos ile Küçükyalı arasında, Maltepe sahilinin yaklaşık 1 kilometre açığında bulunan Manastır Kayalıkları olarak da adlandırılan alanda, 2016 yıllında yapılan su altı araştırmalarıyla Vordonisi Adası keşfedilmiştir.

Kuzey Doğu Marmara sualtı araştırmaları kapsamında yapılan bu çalışmalarda, Patrik Photios’un sürgün manastırına ait kalıntılar hava fotoğrafları ile belgelenmiştir. Yüzey araştırmalarında ayrıca Marmara adası mermerini taşıyan batık bir gemi ve su altında dağınık çatı kiremitleri tespit edilmiş olup tarihlendirme çalışmaları devam etmektedir.

Beylikdüzü Belediyesince 13 kilometrelik ilçe sahilinde yapılan su altı  araştırmaları sonucunda 8 sac batık denilen tarihi mendirek, antik liman ve antik batığa ulaşılmış. Araştırmalarda deniz altında 3,5 kilometrelik liman ve dalgakıran sistemi gibi önemli bulgular da elde edilerek İstanbul’un tarihine ışık tutulmuştur.