Japon Bahçesi 2003 yılında İstanbul ile Yamaguchi Eyaleti Shimonoseki şehri arasında imzalanan kardeş şehir anlaşmasının bir sonucu olarak hayata geçirilmiştir. 2015 yılında ise her iki ülkenin işbirliğiyle bahçenin tadilatı tamamlanarak daha da etkileyici bir hale getirilmiştir. Bahçe, Marmara Denizi'ne bakan bir konumda yer almaktadır. Bahçenin giriş kapısı, Marmara Denizi ile Shimonoseki Boğazı'ndan esinlenilerek tasarlanmıştır. Bahçenin içinde ise Japon bahçelerinin temel unsurları olan çay odası, şelale, gölet ve çardak gibi yapılar bulunmaktadır. Bahçede ayrıca Japonya'nın sembolü olan kiraz ağaçları da yer almaktadır. Baltalimanı Japon Bahçesi, İstanbulluların dört mevsimin güzelliklerini bir arada deneyimleyebilecekleri bir dinlenme alanıdır. Bahçe, her yıl binlerce ziyaretçiyi ağırlamaktadır.