M.Ö. 5. yüzyılda, bugün Kız Kulesi'nin bulunduğu adacık, Karadeniz'den gelen gemilerin denetlenmesi ve vergilendirilmesi için bir gümrük noktası olarak hizmet vermiştir. 12. yüzyılda Bakireler Kulesi, Doğu Roma İmparatorluğu İmparatoru Manuel I Komnenos tarafından savunmayı güçlendirmek amacıyla bir kule olarak yeniden inşa edildi. İstanbul Boğazı'nın giriş ve çıkışlarını kontrol etmek için kullanıldı. İstanbul'un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmed'in emriyle yeni bir kale inşa edilmiş ve buraya bir muhafız birliği yerleştirilmişti. Gece nöbetleri mehter takımı eşliğinde tutulur, bayramlarda padişahların cülus törenlerinde buradan top atışları yapılırdı. Zamanla Kız Kulesi yeni işlevler kazanmış ve kuzey bölümüne geceleri gemilere yol göstermesi için bir deniz feneri eklenmiştir. 1830-1831 yıllarında kolera salgınını önlemek amacıyla karantina hastanesine dönüştürülen kule, daha sonra 1836-1837 yıllarında yaşanan veba salgını sırasında tecrit merkezi olarak kullanıldı. Zaman içinde pek çok farklı amaçla kullanılan tarihi yapı, 1847 yılında Trabzon'da yaşanan kolera salgını nedeniyle karantinaya alınan yolcu ve hastalara ev sahipliği yaptı. 1857 yılında kulenin feneri yeniden düzenlenerek Fenerler İdaresi'ne devredildi. 1959'da bir süre radar istasyonu olarak kullanılan Kız Kulesi, deniz ulaşımının güvenliği için de kullanıldı. 1964'te Milli Savunma Bakanlığı'na bağlı bir gözlem ve radar istasyonuna dönüştürülen tarihi yapı, 1983'ten bu yana turizm amaçlı kullanılıyor. İstanbul'un en önemli tarihi yapılarından biri olan Kız Kulesi ile ilgili en yaygın efsaneye göre; fırtınalı bir gecede Leondros kulenin üzerinde bir ışık görünce sevgilisi Hero'nun kendisini çağırdığını düşünür ve denize atlar. Ancak bu kez ışığı yakan Hero değil, aşıkların her gece gizlice buluştuklarını fark eden bir başkasıdır ve ışığı söndürür. Leondros Boğaz'ın dalgalarına gömülür; acıya dayanamayan Hero ise kendini kuleden aşağı atarak canına kıyar. Efsanenin sonunda kulenin yerine aşıklar adına bir deniz feneri inşa edilir.